Αναφορικά με το οικοσύστημα του ποταμού Αχέροντα η δελταϊκή χλωρίδα περιλαμβάνει 415 είδη φυτών. Μερικά από αυτά έχουν περιορισμένη ή σπάνια εμφάνιση, όπως το ρακοβότανο, η λουίζα, η κραμπουτσάνα και ο κρίνος της θάλασσας. Οι ελώδης εκτάσεις καλύπτονταν από βούρλα, καλαμιές, αρμυρίκια και αρμυρήθρες. Γενικότερα, ο συνολικός αριθμός των φυτικών ειδών στην περιοχή ανέρχεται στα 509 είδη.Αυτή η πλούσια βλάστηση αποτελεί ιδανικό τόπο διαβίωσης και αναπαραγωγής για τα 196 είδη πουλιών. Μεγάλος αριθμός των πτηνών που έχουν καταγραφεί στην περιοχή, προστατεύεται από διεθνείς συμβάσεις. Ο υγρότοπος του Αχέροντα αποτελεί μεταναστευτικό διάδρομο για τα πουλιά.
Στις ελώδης και υγρές εκτάσεις με τους καλαμιώνες και τα αρμυρίκια συναντώνται συχνά είδη όπως, η λαγγόνα, ο ήταυρος, ο πελαργός, η βαλτόπαπια, ο μαυροκέφαλος γλάρος, ο νυχτοκόρακας, η τουρλίδα, ο κρυπτοτσικνιάς, ο λευκοτσικνιάς, ο κοκκινοσκέλης, ο ποταμότρυγγας, ο μοχητής, η χαμοκελάδα, τα βουτηχτάρια, τα γλαρόνια, η λασποσκαλίδρα.
Πριν λίγες μέρες εντοπίστηκε ένας μικρόσωμος ερωδιός με την ονομασία Ήταυρος από το προσωπικό του Φορέα Διαχείρισης Καλαμά-Αχέροντα-Κέρκυρας στην προστατευόμενη περιοχή του Αχέροντα.Πρόκειται για ένα είδος μεταναστευτικού πτηνού το οποίου οι πληθυσμοί έχουν μειωθεί και στην Ελλάδα χαρακτηρίζεται ως Κινδυνεύον. Ο Ήταυρος αναπαράγεται σε χώρες όπως η Ουκρανία, η Πολωνία, η Λευκορωσία, η Λετονία, η Ουγγαρία και νότια της Ρωσίας Στην Ελλάδα αναφέρεται ότι φωλιάζει και στους μεγάλους καλαμιώνες του Αμβρακικού, ίσως όμως και σε άλλους υγρότοπους.
