Το Βουθρωτό ήταν κατοικημένο ήδη από τους προϊστορικούς χρόνους όπως αποδεικνύεται από τα τέχνεργα, που ανήκουν στο δεύτερο μισό της 2ης χιλιετίας π.Χ. και είναι τα παλαιότερα αντικείμενα που έχουν ανασκαφεί στον αρχαιολογικό χώρο.
Οι πρώτες ανασκαφές του Βουθρωτού και των περιχώρων του πραγματοποιήθηκαν από τον Ιταλό αρχαιολόγο Luigi Ugolini μεταξύ 1926 και 1936. Επικεντρώνοντας τις προσπάθειές του στο Βουθρωτό και τον γειτονικό ελληνικό οικισμό της Φοινικής, όπου ο Ugolini ανακάλυψε έναν πραγματικό θησαυρό: ένα βαπτιστήριο, μια βασιλική, δημόσια λουτρά, γυμναστήριο, πύλες, τείχη κάστρων, ναό αφιερωμένο στη Αθηνά/Μινέρβα, καθώς και σημαντικό αριθμό οικιών, αντικειμένων και αγαλμάτων που μαρτυρούν μια μακραίωνη ιστορία της περιοχής.
Για το Βουθρωτό γίνεται λόγος στις γραπτές πηγές από τον 6ο αιώνα π.Χ., όταν ο αρχαίος Έλληνας ιστορικός Εκαταίος ανέφερε για πρώτη φορά την πόλη στο έργο του, γράφοντας ότι το Βουθρωτό εμπνεύστηκε από την Τροία. Σύμφωνα με τον Εκαταίο, στα χρόνια του μύθου, ο Έλενος, γιος του βασιλιά της Τροίας, Πρίαμου, κυνηγημένος πρόσφυγας μετά την κατάκτηση της πόλης του από τους Έλληνες, θυσίασε εδώ έναν ταύρο για να εξευμενίσει τους θεούς. Όπως μας διασώζει το γεγονός αναμιγνύοντας φαντασία και ιστορία ο μεγάλος Ρωμαίος ποιητής Βιργίλιος ο ταύρος, πληγωμένος βαριά, μουγκρίζοντας έτρεξε, αφιονισμένος κατρακύλησε προς τη θάλασσα. Το μέρος όπου ο άγριος «βους» ξεψύχησε, ο Έλενος, το ονόμασε Βουθρωτό.
Στην πρώιμη περίοδο της ιστορίας του, το Βουθρωτό ήταν πόλη των φυλών των Χαόνων, που αργότερα ενσωματώθηκαν στο βασίλειο της Ηπείρου.
Τμήματα της πόλης ξαναχτίστηκαν κατά τον 5ο αιώνα π.Χ., και το Βουθρωτό άκμασε κατά τη διάρκεια της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας προτού επιζήσει για μια σύντομη περίοδο υπό Ενετική κυριαρχία. Στα τέλη του Μεσαίωνα, το Βουθρωτό λεηλατήθηκε από τους Οθωμανούς και εγκαταλείφθηκε επειδή οι νέοι υγρότοποι έκαναν δύσκολη την ανθρώπινη εγκατάσταση.
Οι ελληνικές και ρωμαϊκές ρίζες του Βουθρωτού είναι εμφανείς στα αντικείμενα που βρέθηκαν γύρω από το αμφιθέατρο: αγάλματα του Απόλλωνα, μιας άλλης θεάς του Βουθρωτού, πορτρέτα της Αγριππίνας, κεφάλια του Δία και της Λιβίας, μεταξύ πολλών λατινικών και ελληνικών επιγραφών που φυλάσσονται στο Αρχαιολογικό Μουσείο της περιοχής.
Ορισμένοι πύργοι που χτίστηκαν την περίοδο που οι Ενετοί έλεγχαν την πρόσβαση σε αυτή την περιοχή έχουν επιβιώσει μέχρι σήμερα. Σε κοντινή απόσταση, οι επισκέπτες μπορούν επίσης να δουν το τριγωνικό κάστρο Βιβάρι, που χτίστηκε από τον Αλή Πασά στις αρχές του 19ου αιώνα για να ελέγχει την περιοχή.
Δικαιολογημένα – σε έναν κόσμο όπου καμία ιστορία δεν εξελίσσεται πάντα γραμμικά και η πρόοδος, η βελτίωση της ανθρώπινης κατάστασης μόνο σίγουρη δεν είναι. Αν είχανε φωνή τα ερείπια στο Βουθρωτό, για αυτό θα μας προειδοποιούσανε.
